本件は当アプリに起因する問題ではなく、Shopifyの既存の不具合である可能性が高いです。
この現象はテーマエディタのプレビュー機能のみで発生します。実際の販売ページ（本番環境）には影響しません。本番環境の商品ページでバリアントを切り替えて、価格が正しく表示されることをご確認ください。
参考情報
商品管理の下書き商品のプレビューで関係の無い商品価格が表示される
When Previewing My Products All Prices Have Changed To £19.99. How Do I Correct This?