在庫があるのに決済時に「在庫切れ」となる場合、Shopifyの「配送設定」または「マーケット（Markets）」の設定が影響している可能性があります。予約販売ルールの設定とは関係なく発生します。
配送設定：購入者の地域（例：日本）に対して、有効な配送エリアと送料が設定されているか確認してください。
マーケット設定：対象商品が購入者の国や地域を含む「有効なマーケット」に含まれているか確認してください。
これらが適切に設定されていないと、在庫があってもその地域では購入不可（在庫切れ）として扱われることがあります。
Shopify側の設定を確認しても解決しない場合は、お問い合わせフォームよりご連絡ください。